Basierend auf einer breiten Datengrundlage setzt sich die Systemmedizin mit den komplexen Prozessen und Zusammenhängen im menschlichen Körper auseinander und betrachtet diese umfassend. Sie verknüpft dabei verschiedene Ansätze und Technologien und führt so zu umfangreichen Erkenntnissen.

Die frühzeitige Erkennung und genaue Bestimmung von Erkrankungen ist nur mit der molekularen Biologie möglich. Die Proteom-Analyse auf Basis diagnostischer Muster ist weit fortgeschritten und der Kern der derzeitigen System-Medizin. Im Bereich der Grundlagenforschung erfolgt unter Anwendung der Proteom-Analyse der Abgleich zwischen tierischen und humanen Modellen sowie deren Analyse.

Die Proteom-Analyse untersucht die Proteine, die als Produkte der Gene im menschlichen Körper eine wichtige Rolle spielen. In den Proteinen befinden sich die authentisch kodierten Informationen. Ihre Analyse ermöglicht die ganzheitliche Abbildung des Gesundheitszustandes. Erkrankungen können auf diese Weise frühzeitig erkannt und mit einer gezielten Therapie individuell behandelt werden. Auch die Ergebnisse der Behandlung können ebenso exakt abgebildet werden wie der Grad der Erkrankung.